Təşkilatın əsas elmi fəaliyyət istiqamətləri:
    Azərbaycan və digər floradan olan faydalı və nadir, nəsli kəsilməkdə olan bitkilərin biomüxtəlifliyi, introduksiyası və məlumat bankının yaradılması.

Əsas elmi nəticələr:

2009-ci ildə Mərkəzi Nəbatat Bağının respublikamızın ərazisində sənaye əhəmiyyətli nadir və nəsli kəsilməkdə olan bitkilərin biomüxtəlifliyi, introduksiyası və məlumat bankının yaradılmasına həsr olunmuş tədqiqat işləri aparılmışdır.

6 növ bitkinin (Celtis caucasica Willd. – qafqaz dağdağanı, Celtis tournefortii Lam. – tornefort dağdağanı, Crataegus pontica C.Koch. – pontika yemişanı, Juniperus foetidissima Willd. – iyli ardıj, Pictacia mutica Fisch. et Mey. – kütyarpaq püstə, Padus avium Mill. – meşə gilası) ex situ və in situ şəraitdə böyümə və inkişaf xüsusiyyətləri müqayisəli şəkildə öyrənilmiş, ex situ şəraitində çoxaldılan bitki növlərində jüjərmə faizinin təbii şəraitə nisbətən yüksək olduğu müəyyən edilmişdir. Lonicera caprifolium L. – adi doqquzdon, L.bracteolaris Boiss. et Buhse. – çiçəkaltıqlı d., L.caucasica Pall. – qafqaz d., L.iberica Bieb. – gürjü d.) toxumla çoxaldılması öyrənilmişdir. 3 yemişan növünün (Meyer yemişanı – Crataegus meyer Pojark, beşyuvalı y. – C.pentaguna W.et K., qafqaz y. – C.caucasica Koch et Kit.) toxumla və vegetativ yolla çoxaldılması və ilkin bejərilmə aqrotexnikası işlənib hazırlanmışdır. Şamaxı dayaq məntəqəsində adi badamın terraslar şəraitində kök sistemi tədqiq edilmiş, 3 növ palıd jüjərtilərinin morfogenezi öyrənilmişdir. 9 növ birgöz meyvələrinin meyvələrinə görə təyin edilməsi üçün mühüm diaqnostik əhəmiyyətə malik biomorfoloci xüsusiyyətləri öyrənilmişdir. Topulqa jinsindən olan növlərin vegetativ çoxaldılması məqsədilə təjrübələr qoyulmuşdur.

Tədqiqatlar dövründə şoranyer, koçi və nazik qarğasoğanı növlərinin Naxçıvan MR, Gənjə, Daşkəsən, Şəki, Zakatala, Qəbələ, Qax bölgələrindən əkin, səpin və herbari materialları toplanmış, həmçinin geofit bitkiləri kolleksiya sahəsində olan qarğasoğanı növləri araşdırılmış, 5 növün kolleksiyası yaradılmışdır. Meşənovruzunun (Jyjlamen L.) bəzi növlərinin (Jyjlamen elegans Boiss. et Buhse – zərif meşənovruzu, C.vernum Sweet – yaz m.) çoxaldılması və istifadəsi üzrə tədqiqat işləri aparılmışdır.

Oranjereya şəraitində 5 növ bitkinin (Boruçiçəkli kalanxoe -Kalanchoe tubiflora, ağacvarı eoniumun -Aeonium arboreum, qısayarpaq dikkia -Dyckia bromifolia, bromeliyayarpaq pitkarniya- Pitcairnia bromeliafolia, yukka-Yucca) introduksiya şəraitində morfogenezi, struktur əlamətləri öyrənilmiş və ontogenezin ilkin dövrü üçün becərilmə üsulları işlənmişdir.

Elmi kadrların hazırlanması:

    Mərkəzi Nəbatat Bağı yüksək ixtisaslı kadrların hazırlanmasına xüsusi diqqət ayırır. Hazırda Bağda çalışan 123 işçidən 23 elmi işçi, 2 - AMEA-nın müxbir üzvü, 3 -elmlər doktoru, 14 –elmlər namizədidir. MNB-da aspirantura fəaliyyət göstərir və burada  2 aspirant və 7 dissertant təhsilini davam etdirir. MNB-nin  dissertanturasında 2 əcnəbi dissertant təhsil alır.   

Ekspedisiyalar:

    MNB-in kolleksiyasını zənginləşdirmək məqsədi ilə  Bağın əməkdaşları Azərbaycanın müxtəlif bölgələrində – Qazax-Gəncə, Quba-Qusar, Lənkəran-Masallı, Naxçıvan,  Şamaxı və s. ekspedisiyalarda olurlar. Həmin bölgələrdən ağac, kol, çiçək bitkilərinin əkin və səpin materialları (dəmirağac - Parrotia və ağcaqayın - Acer cinslərinə daxil olan növlər, evkalipt - Eucalyptus, limon - Citrus, kinkan - Fortunella, mandarin - Citrus, akasiya - Acacia, küstüm - Mimosa, qızılgül - Rosa, bənövşə - Viola, əzgil - Mespilus, banan - Musa, kivi - Kiwi, feyxoa – Acca və s.) gətirilərək MNB-da introduksiya edilmişdir.
    Elmin istehsalatla əlaqəsini gücləndirmək məqsədi ilə MNB-da Şamaxı dayaq məntəqəsi fəaliyyət göstərir. Bu məntəqədə terras üsulu ilə əkilmiş qozmeyvəli bitkilərdən  ibarət böyük kolleksiya yaradılmışdır.